京杭运河北方段的衰落最早因为1855年黄河夺北方河道入渤海，一下子淤塞了今天的山东济宁段，南北不通，导致从北京到南方的生命线被阻断。后来这部分运输被迫从海路转运。
但是为什么不修呢？因为后来不久，1890年代英法德等国家计划修建一条连接天津和南京的铁路——津浦线。津浦线的建立，导致京杭运河北方段进一步衰落。天津西站到南京浦口这段铁路今天是京沪铁路的一部分，但在民国年间就是联系南北的要道。（朱自清在《背影》中提到的坐火车北上就是津浦线）当年抗日战争中的徐州会战，百团大战，以及后来的淮海战役，津浦铁路都发挥了极其重要的角色。（或者借助它运输人员物资，或者破坏它阻挡敌人的进度）除了以上两个原因，市政建设侵占河道，也使得南运河的宽度和深度都很有限。这个北方南运河（卫运河）是在原先卫河的河道基础上形成的，但是卫河流经的几个地方都因为后来城市发展侵占了不少原来的河道。天津、沧州、德州、临清、聊城等都有不同程度的占用河道的情况。1996年，北方干旱，我小时候下南运河天津段，水深只到腰部。后来天津整修南运河天津段，清除污泥、建设堤岸，最深处虽然已经有四米，但宽度仍然非常尴尬，最窄处仅为二十米（井冈山桥）。不过这并不意味这南运河“无效”，南运河今天是南水北调东线的重要输送渠。天津自来水厂一部分坐落在南运河与中环线交界，原查氏水西庄原址内。而京津北运河段，潮白河和北运河在流经北京之后就几乎无水了。所谓北运河疏浚，只有象征意义，而无实际效果。北京上游的水到今天天津桃花堤，即老北洋大学堂旧址那里被挡水闸拦住。北运河在今天已经基本等于死水了。而更加重要的问题是京杭运河无法穿越黄河，打通之后，造成黄河水下灌，造成的后果也是灾难性的。不过大运河在淮安以南大部分地区的运输能力还是可以的。我曾经走过几个城市杭州，无锡等，水里面的船队不少，大多是北煤南运，或者沙土石料船为主。这些东西一般是周期性需求或者陆运成本高，因而通过水运来缓解成本压力。我觉得运河经济很难在今天发展，主要有内因外因各种原因共同决定的。比如，政策上，各省缺乏联动机制，共同决策、共同管理。外在条件看而且由于运河中不能走集装箱而只能走散货，而过多和低矮的河道桥梁又导致船舶必须经过良好设计才能使用，影响了运河的使用。自然上看，即使北方段疏浚之后因为缺水也会难以为继。今天北京已经有2000万人口，这些人每天的用水量是惊人的。李鸿章称天津是“九河下梢”，但是今天天津这九条河，除了山西来的子牙河径流量还说得过去，潮河，白河，永定河，新开河，滹沱河都完全断流或约等于断流。因此整个北运河不具备通航的条件。成本上看，北方运输已经基本上依赖公路和铁路，除去运河运输需要开河、建桥、改船和引水外，还需要考虑船闸的问题。京津之间北运河，原有十三道船闸，杨村、河西务、高碑店，甚至通州等都是古船闸所在地，今天虽然不用人工拉纤来完成逆流运输，但是河道是不是能满足还真不一定。
2006年京杭运河成为国家重点文物保护单位，京杭运河在今天的使用需要更进一步的详尽的思考。今天还有北京社科院专家说提出什么“京津海陆运河”的想法，我认为非常不现实。
1855年，黄河在河南省铜瓦厢决口北徙，在山东省夺大清河入海，大运河全线南北断航。清朝后期和中华民国时期，曾几度倡议治理运河，但均未付诸实施。
中华人民共和国建国以后中华人民共和国成立后，于1953年和1957年兴建江阴船闸和杨柳青、宿迁千吨级船闸，开始了对古老的大运河的部分恢复和扩建工作。1959年以后，结合南水北调工程，重点扩建了徐州至长江段400余公里的运河河段,使运河单向年通过能力达到近2000万吨,并扩大了沿岸灌溉面积和排涝面积,确保里下河地区1500万亩农田和800万人民生命财产的安全,取得了多方面的效益。
目前大运河济宁以北河段，因水源不足，未能发挥航运效益。济宁以南至杭州河段，已建成16座通航梯级，其中大型船闸12座。运河及其沿岸河流、湖泊已节节设闸控制，洪水期调泄，枯水期补给，江水北调工程已初具规模。徐州以南河段，船闸年通过船舶吨位已达1370余万吨，年货运量达5500万吨。为适应货运任务的迅速增长，分流煤炭南运，济宁至杭州段的运河扩建续建工程业已开始,将进一步浚深扩宽航道，加建复线船闸,沟通运河至钱塘江的航道，扩大港口吞吐能力，使运河单向通过能力达到3500～4000万吨,承担起年运量1亿吨的总货运任务。
清朝末年，自京汉、津浦等铁路修建以后，清朝政府不关心运河的命运，任其荒废。运河河道越来越窄，最窄处不足10米，运输能力大减，不少河段不能通航。山东境内的部分河段已淤成平地；即使水量较大，通航条件较好的江苏省内河段，也只能通行小木帆船。新中国成立后，制定了改造大运河的计划，对运河很多区段进行了疏浚、扩展，沿河建设了不少航闸，两岸改建和新建了许多现代化码头。目前，大运河全程虽不能通航，但季节性通航里程已达1100公里，对分担津浦铁路的货流，特别是承担煤炭、建材、盐、日用工业品、粮、油和其他农副产品的中短途运输任务，对发展地区经济，加强南北交流，起到了一定的作用。今天，大运河将作为南水北调的主要路径，古老的大运河必将重新焕发出青春的活力。
人们常把黄河比喻为中华民族的母亲河；我们也可以把运河比作中华民族的生命之河、智能之河，因为她融会了这个大民族的众多聪敏。我们应该记住∶中国人在二千五百年前就学会了修建运河，修了两千五百多年之久！大运河的开凿是中华民族科学技术发展的结果，是千百万人民辛勤劳动的结果。它集中体现了古代中国人民的科学成就、智能与创造。运河带给我们的，确实很多，很多……
因为元朝时期，经济中心在南方，北方是政治中心，大都人口众多，众多的粮食，丝绸等物资需要运输，通过陆路运输成本高，而且麻烦，水路则是很经济的选择，装载量也很大，而且有隋朝大运河的前例，所以重修京杭大运河是明智的选择。同时为了上一道双保险也开通了从长江口到大沽口的海运，因为这不需要疏通河道，成本更低，需要的是大船，而且宋朝时期的指南针已经应用于航海，航行线路又是在中国近海，更加的实用和安全。
